内设6个部室，其职能任务如下：

　　1、办公室：

　　负责秘书、人事、工会、档案；行政管理、后勤保障服务；协会团务党务管理；联系协会监事工作。

　　2、财务部：

　　负责财务收支和预决算，财务监管；办理财政、税务、审计和工商事务，其他相关管理工作。

　　3、会员部：

　　发展会员，协调管理；组织会员开展合作交流活动；反映会员诉求，维护会员权益；协助业务主管部门开展保密安全检查；组织保密领域会员的保密工作绩效和保密技术质量评先、评优；引导会员自律监管。

　　筹办保密基金会及保密（信息安全）事业投融资平台。

　　4、宣教培训部：

　　开展保密宣传、教育；保密业务与技术培训；组织保密科学理论研讨活动；管理协会网站和受委托管理省保密局网站；负责《保密工作》杂志和其它国家保密书刊在粤发行；编辑发行《广东保密》、协会期刊、读物、论文等资料。

　　5、技术部：

　　技术咨询、交流；组织保密技术专家委员会活动；保密科技立项、研究；推广应用保密装备（技术产品）（含产品登记和定点维修维护管理）；协助业务主管部门开展保密技术检查。

　　6、项目服务部：

　　协助对涉密信息系统测评，开展信息系统安全风险评估；军工资格认证咨询服务；保密装备强制配备（及装配）服务；负责涉密载体定点印制等各种保密（涉密）资质（资格）的申请受理和评估服务；保密项目（涉密事项）劳务派遣；保密场所（含涉密）物业管理与服务；其他保密项目代理、咨询、实施服务。